دبیرخانه جایزه البرز، هماهنگی بخش‌های گوناگون جایزه را بر عهده دارد. ستاد همایش و شورای هماهنگی جایزه البرز نیز از زیرمجموعه‌های دبیرخانه هستند. ریاست دبیرخانه جایزه البرز بر عهده مدیر عامل بنیاد فرهنگی البرز به عنوان دبیر جایزه است.